Pós-Graduação Stricto Sensu em Engenharia Biomédica

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    Caracterização do perfil zoonótico do microbioma sanguíneo, salivar e cutâneo de cães (Canis lúpus familiaris) através de dados públicos de Sequenciamento de Nova Geração (NGS)
    (Universidade de Mogi das Cruzes, 2024) Takao, Paulo Sallarola
    Este estudo investiga o perfil zoonótico do microbioma sanguíneo, salivar e cutâneo de cães (Canis lupus familiaris) utilizando dados públicos de sequenciamento de nova geração (NGS) disponíveis no banco de dados Sequence Read Archive (SRA) do National Center for Biotechnology Information (NCBI). A relevância desta pesquisa reside na crescente interação entre humanos e cães, o que aumenta o risco de transmissão de zoonoses. A dissertação é estruturada em cinco artigos. O primeiro artigo contextualiza a importância do microbioma canino na interface da saúde animal e pública, destacando os desafios metodológicos e a necessidade de padronização em estudos de microbioma. O segundo artigo apresenta uma revisão simplificada das ferramentas de metagenômica para não especialistas, com foco em ferramentas como Kraken2 e Bowtie2, essenciais para a classificação taxonômica e remoção de contaminantes. O terceiro artigo descreve a criação de bancos de dados integrados para Bowtie2 e Kraken2, otimizando a remoção de sequências do hospedeiro (Cão) e contaminantes humanos. O quarto artigo propõe uma nova abordagem combinando Kraken2 e Bowtie2 para a remoção de contaminantes e hospedeiros, além da classificação taxonômica, utilizando bibliotecas simuladas (Mock) para avaliar a eficácia das ferramentas. O quinto artigo apresenta um protocolo detalhado para a classificação metagenômica canina, integrando Kraken2, Bowtie2, Bracken e Pavian em um fluxo de trabalho otimizado. Os resultados demonstram a viabilidade dos bancos de dados criados e a eficácia da abordagem combinada de Kraken2 e Bowtie2 na remoção de contaminantes. A análise de amostras reais de sangue, saliva e pele de cães revelou uma diversidade microbiana significativa, com a saliva apresentando a maior diversidade, seguida pela pele e sangue. A presença de patógenos zoonóticos, como Pasteurella e Capnocytophaga na saliva canina, destaca a importância da pesquisa para a saúde pública. Este estudo contribui para o avanço do conhecimento sobre o microbioma canino e suas implicações zoonóticas, fornecendo ferramentas e protocolos otimizados para análises metagenômicas. A pesquisa ressalta a necessidade de estudos futuros para investigar a relação entre o microbioma canino e a saúde, bem como o impacto de fatores como raça, idade e dieta na composição do microbioma.