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Subject: search.filters.subject.Filogenia

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    Item type:Item,
    Sistemática do clado pachira extra-amazonico (Bombacoideae, nalvaceae)
    (Universidade de Mogi das Cruzes, 2024) Siqueira, Júlia Sousa
    Em Pachira s.l., o clado Pachira Extra-Amazônico abriga sete espécies distribuídas na Mata Atlântica e Caatinga. De acordo com a filogenia mais recente, Pachira Extra-Amazônico emerge como grupo-irmão de Eriotheca formando um clado monofilético sendo grupo-irmão de Pachira Amazônico. O presente estudo tem como objetivo revisar a circunscrição de Pachira Extra-Amazônico utilizando dois marcadores nucleares (ITS e ETS) e um plastidial (trnS-trnG) para a reconstrução filogenética. Foram feitos processos usuais em estudos filogenéticos, como a extração de DNA, amplificação com os marcadores supracitados, sequenciamento e tratamento das sequências. Foram geradas árvores de marcadores individuas e combinados utilizando o critério de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana, sendo que a filogenia combinada por Inferência Bayesiana foi datada. A otimização de caracteres morfológicos ancestrais foi realizada a fim de propor possíveis sinapomorfias para os clados delimitados. O estudo taxonômico consistiu na consulta de materiais virtualmente, visitas a herbários e coletas para obtenção de dados para descrições e comentários taxonômicos. O estudo biogeográfico foi composto por análises de endemismo utilizando o NDM a partir de mapas de distribuição das espécies, identificação de biorregiões com o Infomap Bioregions e análise de reconstrução de áreas ancestrais a fim de traçar a história evolutiva de Pachira Extra-Amazônico.Em Pachira s.l. ambos os gêneros que o compõe (Pachira e Eriotheca) emergiram como parafiléticos. No entanto, Pachira Extra-Amazônico se manteve monofilético e foi delimitado em dois subgêneros: Pachira subg. Longissimus (caracterizado por peciólulos longos e pétalas discolores), abrigando apenas Pachira calophylla; e Pachira subg. Viridipetalae (caracterizado por pétalas inteiramente verdes em ambas as faces). Ambos os subgêneros foram propostos e descritos constando a diagnose e comentários. Foram apresentadas descrições para sete espécies que compõem ambos os subgêneros. A morfologia dos folíolos, indumento e sementes se mostraram importantes para a delimitação das espécies.A partir das análises de endemismo no NDM foi delimitada uma área de consenso abrangendo a Mata Atlântica, Cerrado e Caatinga a partir de quadrículas de 4º. A identificação de biorregiões forneceu informações de possíveis áreas de endemismo ao longo da Mata Atlântica correspondendo principalmente a Serra do Mar e áreas de Mata Atlântica, restingas e agreste na região Nordeste do Brasil. A reconstrução de áreas ancestrais corrobora com a origem de Pachira partir de matas úmidas da Amazônia. A diversificação de P. subg. Longissimus e P. subg. Viridipetalae ocorreu no Mioceno o qual se dispersou em direção a matas secas devido as intensas flutuações climáticas do período. Ainda, P. subg. Viridipetalae possui dois clados geograficamente estruturados, sendo que cada um apresenta padrões morfológicos condizentes com sua distribuição (Mata Atlântica e Caatinga).
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    Item type:Item,
    Explorando o panorama mitocondrial de diferentes espécies do gênero Malassezia: montagem, anotação e implementação de ferramentas para a análise de mitogenomas
    (Universidade de Mogi das Cruzes, 2023) Teixeira, Gledison Eric
    A diversidade ecológica e funcional dos fungos do gênero Malassezia têm despertado interesse crescente em pesquisas biológicas e clínicas. Neste contexto, a mitogenômica emerge como uma poderosa abordagem para explorar a diversidade genômica e evolutiva desses fungos através do estudo de suas mitocôndrias, organelas essenciais para a respiração celular e produção de energia. Nesta dissertação, nos propusemos a investigar a mitogenômica de Malassezia por meio de um amplo conjunto de dados e desenvolvimento de ferramentas de bioinformática. Iniciamos nossa investigação realizando uma prospecção de genomas mitocondriais completos disponíveis em bases de dados públicas, como a Nucleotide e Organelle Genome Resources do NCBI. Essa prospecção nos permitiu obter uma visão abrangente dos mitogenomas de Malassezia previamente caracterizados, revelando uma notável diversidade genômica entre as diferentes espécies do gênero. A fim de ampliar ainda mais a diversidade mitogenômica de Malassezia, realizamos a prospecção de bibliotecas de sequenciamento de nova geração de genoma completo (WGS) de espécies não representadas nos mitogenomas conhecidos. A montagem e anotação desses novos genomas mitocondriais foram conduzidas com sucesso, fornecendo informações detalhadas sobre a estrutura genômica e a organização funcional dessas organelas. Para otimizar a análise dos dados mitogenômicos e possibilitar a reutilização dessas informações por outros pesquisadores, estabelecemos um fluxo de trabalho de bioinformática baseado em trabalhos anteriores realizados no LaBiOmics. Esse fluxo de trabalho permitiu a montagem e anotação eficiente dos genomas mitocondriais de Malassezia, fornecendo uma plataforma robusta para investigações futuras. A análise filogenética comparativa dos mitogenomas revelou relações evolutivas interessantes entre as espécies de Malassezia e outros fungos, destacando tanto conservações de genes fundamentais quanto variações em elementos genéticos específicos. Essas informações são valiosas para compreender a evolução genômica e a diversidade dentrodo gênero. Para disponibilizar os resultados obtidos e fornecer uma plataforma interativa para pesquisas futuras, implementamos um banco de dados relacional para o armazenamento dos genomas mitocondriais e suas anotações funcionais. Além disso, desenvolvemos uma aplicação web para pesquisas BLAST nas sequências mitogenômicas de Malassezia, facilitando a identificação rápida de sequências homólogas em diferentes organismos. Por meio dessas análises e ferramentas, construímos um dataset curado contendo informações relevantes sobre a genômica estrutural e funcional dos mitogenomas identificados e montados. Esse dataset representa uma valiosa fonte de conhecimento para a comunidade científica, permitindo a reutilização dos dados e a realização de novas investigações em diversos contextos científicos e clínicos. Em conclusão, esta dissertação proporcionou uma visão aprofundada da diversidade mitogenômica de Malassezia e sua relevância biológica e evolutiva. Os resultados e ferramentas desenvolvidos aqui abrem novos horizontes para pesquisas futuras em mitogenômica de fungos, impulsionando o campo da biologia fúngica e promovendo avanços científicos em prol da compreensão da biodiversidade e das interações complexas entre esses microrganismos e seus hospedeiros. Esperamos que este trabalho inspire novas descobertas e colaborações, contribuindo para o avanço do conhecimento científico e para a saúde humana e ambiental.