Prospecção in sílico de integrons e genes de resistência antimicrobiana por meio de dados de sequenciamento metagenômico de esgoto público
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Date
2024
Authors
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Publisher
Universidade de Mogi das Cruzes
Abstract
Os genes de resistência antimicrobiana (GRAMs) em genomas bacterianos são um dos principais contribuidores para o surgimento da resistência antimicrobiana (RAM). A RAM é uma grande preocupação na saúde pública internacional que tem aumentado nos últimos anos e refere-se à capacidade das bactérias de sobreviverem à exposição aos antimicrobianos utilizados no tratamento de infecções, levando ao aumento das taxas de morbidade e mortalidade e no aumento dos custos com saúde, devido à necessidade de tratamentos mais caros e mais tóxicos. Dessa forma, a vigilância da ocorrência desses genes e de seus hosts podem auxiliar decisões, políticas públicas e ações internacionais para reduzir danos. Neste projeto de mestrado, pretendemos prospectar novos GRAMs por meio de dados de sequenciamento metagenômico de bibliotecas públicas de esgoto de seis países, construir um fluxo de trabalho de bioinformática reprodutível e um banco de dados relacional para o armazenamento desses genes e dados associados. Para isso, obtivemos o genoma completo (Whole genome sequencing, WGS) a partir do banco de dados Sequence Reads Archive (SRA) do NCBI bibliotecas de esgoto de sete países. Os dados brutos foram importados para a plataforma Galaxy Australia, onde foi utilizado o MEGAHIT (Galaxy Version 1.2.9.) para a montagem de novo de sequências contíguas longas (contigs) e a anotação funcional das sequências obtidas realizada pelo ABRicate (Galaxy Version 1.0.1.) na identificação de genes de resistência a antibióticos empregando os bancos de dados CARD, NCBI, Arg-Annot e Resfinder. Os resultados desse estudo podem fornecer informações sobre os genes e classes de antibióticos encontrados em amostras de esgoto desses paises e uma comparação das anotações de quatro bancos de dados diferentes para as mesmas amostras. As informações a partir desses dados podem contribuir para a vigilância dos genes de resistência e dos possíveis hosts em esgotos ao redor do mundo, na tomada de decisões e na prevenção do uso indiscriminado desses fármacos.
Description
Keywords
Resistência antimicrobiana, Metagenômica, Esgoto Público, Íntegrons
Citation
OLIVEIRA, Rafaela de Campos. Prospecção in sílico de integrons e genes de resistência antimicrobiana por meio de dados de sequenciamento metagenômico de esgoto público 2024. Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica) - Universidade de Mogi das Cruzes, Mogi das Cruzes, 2024.