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Item Avaliação de resíduos chave para o funcionamento da metacaspase de candida albicans (CaMCA)(Universidade de Mogi das Cruzes, 2024) Santos, Taíz dos ReisAs infecções fúngicas não só impactam a qualidade de vida dos pacientes, mas também representam um ônus substancial para os sistemas de saúde. Estratégias eficazes de prevenção e tratamento são essenciais para mitigar o impacto dessas infecções e proteger a saúde pública. O aumento nos casos de infecções por fungos do gênero Candida, especialmente Candida albicans, representa um desafio significativo para a saúde pública. Essas infecções, que podem variar de leves e superficiais a sistêmicas e potencialmente fatais, afetam uma ampla gama de pacientes, incluindo aqueles com sistemas imunológicos comprometidos. A transição da forma comensal de C. albicans para um patógeno é influenciada por uma série de fatores, incluindo condições ambientais e alterações na resposta imune do hospedeiro. As metacaspases, proteases estruturalmente relacionadas as caspases de mamíferos, têm ganhado destaque na pesquisa sobre a regulação da morte celular programada e na fisiologia celular. As caspases e metacaspases diferem em estrutura, ativação e função. Enquanto as caspases formam dímeros ativos e são altamente específicas para resíduos de aspartato, as metacaspases clivam seus substratos após um resíduo de arginina ou lisina na posição P1 e especialmente o tipo I, possuem um pró-domínio N-terminal que regula sua atividade catalítica. Embora compartilhem semelhanças estruturais, como a organização em folhas β e α-hélices, as metacaspases têm uma arquitetura distinta e dependem do íon cálcio para exercer a sua função catalítica. Presentes em organismos não metazoários, como plantas, fungos e protozoários, as como a CaMCA e YCA1, desempenham papéis multifuncionais na regulação de processos celulares, como apoptose, diferenciação celular e resposta ao estresse. Sua classificação em 3 tipos reflete sua diversidade funcional em diversos organismos, com estudos revelando funções desde a regulação do ciclo celular até a resposta a estímulos ambientais e patogênicos. A CaMCA e a YCA1 compartilham características estruturais semelhantes, incluindo resíduos críticos de cálcio e um N-terminal propenso a agregação. Para entender melhor o papel desses resíduos na função da CaMCA, construímos mutantes do sítio de cálcio e truncamos o N-terminal da CaMCA, semelhante ao que foi feito na YCA1, para investigar seu efeito na agregação e na função da proteína. A construção da CaMCA-Δ86 foi realizada utilizando a metodologia TEDA, enquanto os mutantes foram desenvolvidos através do TEDA em combinação com sobreposição de fragmentos e forma expressos em E. coli BL21(DE3)pLysS utilizando IPTG como indutor. Os produtos foram purificados utilizando resina de Niquel-sepharose e eluidos com imidazol. Para os dados de fluorescência intrínseca, foram utilizados o software Grafit 5 para análise e tratamento. A CaMCA selvagem passa por autoprocessamento, gerando fragmentos de ~55 e ~45 KDa, influenciado pelo cálcio, que também forma um fragmento adicional de ~30 KDa após 72 horas com 5 mM de CaCl2. A proteína tem alta afinidade (7 μM) e baixa afinidade (9,3 mM) pelo cálcio. A deleção no N-terminal (CaMCA-ΔN86) também apresenta autoprocessamento, gerando fragmentos de 43 e 33 KDa, com o cálcio desempenhando papel importante na ativação da enzima. A ausência do N-terminal altera a resposta ao cálcio, sugerindo que essa região regula o processo de clivagem. Mutantes como D252A ativam-se após 96 horas com cálcio, enquanto D268A, D299A e D268/269A não mostraram resposta. O mutante D268/299A revelou processamento com cálcio após 48 horas. Íons bivalentes, como bário e magnésio, ativaram a CaMCA de forma menos eficiente que o cálcio.Item Raridade de formigas (Hymenoptera: Formicidae) na serapilheira da Mata Atlântica Brasileira(Universidade de Mogi das Cruzes, 2022) Silva, Nathalia Sampaio daA raridade de uma espécie pode ser definida por diferentes conceitos, mas que está sempre ligada ao sentido de restrição ou escassez. Ela é uma ferramenta importante de conservação, pois indica quais espécies precisam de proteção urgente. Contudo, insetos geralmente são negligenciados em políticas de conservação, e isto se torna um grave problema, tendo em vista que estudos recentes apontam para extinção em massa desses animais. Centros de raridade, como a Mata Atlântica, sofrem com a perda de habitat, sendo uma das principais causas de extinção das espécies. Diante desse cenário, os objetivos desta tese foram: (i) analisar como a raridade em formigas é definida pela literatura mundial; (ii) utilizar um método de classificação de raridade (Formas de Rabinowitz) para identificar formigas raras na serapilheira de Mata Atlântica brasileira; (iii) analisar a raridade funcional destas formigas. De acordo com o levantamento bibliográfico, realizado para o nosso primeiro objetivo, as formigas têm a sua raridade associada principalmente pela ocorrência e abundância. Contudo, nem todas as publicações explicam o conceito de raridade adotado. Além disso, a inadequação das técnicas de coleta e subamostragem em diferentes áreas e ambientes dificultam o conhecimento sobre formigas raras. Em relação ao nosso segundo objetivo, a mirmecofauna da Mata Atlântica brasileira apresenta diferentes níveis de raridade, sendo que a maioria não consta nas listas de fauna ameaçada de extinção do Brasil. Os resultados do terceiro objetivo demonstram quem além da raridade taxonômica, as formigas deste bioma também possuem raridade funcional. Tanto formigas comuns e as raras taxonomicamente, são funcionalmente únicas. Desta forma, estes dados mostram a importância da inclusão de diferentes facetas da raridade (taxonômica e funcional) nas políticas de conservação, para assegurar a preservação da diversidade de formigas e dos serviços ecossistêmicos prestados.Item Conectividade e caracterização genética do robalo-peva (centropomus parallelus) em estuários das regiões Sul e Sudeste do Brasil: uma abordagem para subsidiar a avaliação de impactos sobre um recurso-alvo de pescarias comerciais e amadoras(Universidade de Mogi das Cruzes, 2023) Morais, Letícia Rafaela deO uso dos recursos biológicos marinhos tem sido ao longo dos tempos uma fonte de alimentos e de geração de riqueza para diferentes países ao redor do mundo. Dentre os diversos táxons que habitam os oceanos, os peixes têm sido o alvo principal da pesca artesanal, esportiva e industrial. Na família Centropomidae (ordem Perciformes) encontra-se o gênero Centropomus Lacépède (1802), com 12 espécies consideradas taxonomicamente válidas. A espécie Centropomus parallelus – robalo-peva – é uma espécie cuja ocorrência está associada a baias e regiões de estuários. Dados publicados sobre o ciclo reprodutivo e estrutura genética populacional de C. parallelus nas suas regiões de ocorrência são escassos. Contudo, sua importância para pesca artesanal e esportiva é cada vez mais crescente devido a sua esportividade quando fisgado e à qualidade da sua carne. Face ao exposto, o presente estudo objetivou desenvolver e utilizar marcadores moleculares para avaliação genética de populações do robalo-peva, C. parallelus, amostradas ao longo de um gradiente latitudinal de estuários localizados nas regiões Sudeste e Sul do litoral brasileiro para testar a hipótese de estruturação das populações residentes nos estuários. Para isso foi utilizado marcadores microssatélites desenvolvidos para a espécie em questão e posteriormente foi analisada a variabilidade genética contemporâneas das populações de robalo peva ao longo da costa sul e sudeste do Brasil. Os microssatélites foram desenvolvidos para espécie por Sequenciamento de Próxima Geração e avaliados por genotipagem semiautomática. De acordo com os resultados obtido observamos indicativos de estruturação genética entre as localidades amostradas e observamos como a formação geológica dessas regiões estuarinas podem ter influenciado no fluxo gênico entre essas populações, além disso, Florianópolis e Torres foram as únicas localidades que demonstrou índice de diferenciação genética de 0,01 indicando alto fluxo gênico entre essas regiões. O uso dos marcadores microssatélites sugerindo diferenciação populacional entre estuários abre novos campos de estudos no sentido de se entender processos de adaptação local. O presente trabalho gerou informações de base científica que contribuem para um melhor conhecimento genético do robalo-peva de maneira a conservar suas populações, garantindo sua sustentabilidade e existência para as futuras gerações.Item Estudos sobre a modulação catalítica de cisteíno-proteases: cruzaína, catepsinas L e B(Universidade de Mogi das Cruzes, 2024) Vianna, Luan dos SantosAs cisteíno-proteases desempenham um papel crucial na regulação de diversos processos biológicos, desde a degradação de proteínas até a sinalização celular e a resposta imunológica, utilizando um mecanismo de catálise que envolve um resíduo de cisteína em seu sítio ativo. Destacam-se entre essas proteases a cruzaína, forma recombinante da cruzipaína, expressa em todas as etapas do ciclo biológico do Trypanosoma cruzi, agente causador da Doença de Chagas, uma doença negligenciada com altas taxas de mortalidade. Além disso, as catepsinas B e L também são de suma importância. Essas proteases são essenciais em processos biológicos como a renovação celular e a apoptose, e têm sido associadas a diversas condições patológicas, incluindo câncer, doenças neurodegenerativas e inflamações crônicas. Com o objetivo de avaliar o efeito inibitório dessas enzimas, testamos 88 compostos, divididos em 5 classes diferentes. Esses compostos diferem em seus ligantes químicos, podendo essas variações estarem relacionadas aos diferentes tipos de interação proteína-inibidor observadas neste estudo. A classe de compostos que se destacou foi a de derivados de chalconas e flavonoides, exibindo os menores potenciais inibitórios e constantes de inibição para as três enzimas estudadas. Para a cruzaína, o composto mais promissor foi o EM-2A, com IC50 = 1,56 ± 0,07 μM, Ki = 2,52 ± 0,03 μM e αKi = 2,52 ± 0,11 μM. Para a catepsina L, o destaque foi o composto EM-1A, apresentando IC50 = 1,01 ± 0,18 μM, Ki = 2,41 ± 1,82 μM e αKi = 3,88 ± 0,27 μM. Já para a catepsina B, o composto mais eficaz foi o EMF-12B, com IC50 = 0,78 ± 0,01 μM, Ki = 3,88 ± 0,27 μM e αKi = 3,48 ± 0,19 μM. Estes três compostos inibiram as respectivas enzimas pelo mecanismo não competitivo linear simples, onde a molécula de inibidor possui afinidade similar pela enzima livre e pelo complexo ES. Os resultados obtidos foram altamente satisfatórios e ressaltam a importância da avaliação experimental por meio de ensaios bioquímicos padronizados, fundamentais para a caracterização e validação dessas séries de inibidores.Item Prospecção de moléculas como possíveis moduladores para a metacaspase-2 (tbMCA-IIa) de Trypanossoma brucei(Universidade de Mogi das Cruzes, 2024) Araujo, Laura HelenaAs metacaspases desempenham um papel importante na regulação da morte celular programada, especialmente em tripanossomatídeos como o Trypanosoma brucei, agente causador da Tripanossomíase Humana Africana (THA), doença esta que enfrenta desafios no tratamento devido à eficácia limitada e efeitos colaterais dos medicamentos existentes, tornando necessária a busca por novas moléculas terapêuticas eficazes e seguras. Estratégias inovadoras, como triagens fenotípicas para o desenvolvimento de inibidores seletivos, centrada nas proteases como alvos terapêuticos, também desempenham um papel relevante no progresso de tratamentos antitripanossoma. Nesse estudo foram testadas moléculas derivadas de compostos naturais para avaliar a capacidade de inibição da atividade da metacaspase-2 de Trypanosoma brucei, e também foi realizada a construção de um sistema celular de seleção de inibidores específicos para a TbMCA-IIa. Os resultados apontaram que as moléculas derivadas de éter de oxima (AO-7, AO-12 e EO-20) e compostos derivados de chalconas e flavonoides (EM-1A, EM-1B, EM-1C e EM-F12C) mostraram eficácia como inibidores, com destaque para AO-12, revelando-se não competitivo, e para os compostos EM-1A, EM-1B, EM-1C e EM-F12C, com valores de IC50 mais baixos e mecanismos de inibição competitivos e não-competitivos. Após a clonagem bem-sucedida do gene da TbMCA-IIa em um plasmídeo de baixa cópia, foram realizados testes utilizando CaCl2 para avaliar o crescimento celular, demonstrando que a expressão da metacaspase afetou significativamente o crescimento, enquanto que o clone em pET-28a(+) mostrou maior eficiência com 1 mM de CaCl2. Além disso, no experimento realizado com o gene da TbMCA-IIa em pET-28a(+) foi observado que a adição de glicose influenciou o crescimento celular. Esses testes validam a construção do sistema celular de seleção de inibidores, permitindo futuros testes com bibliotecas de inibidores.Item Sistemática do clado pachira amazônico (bombacoideae, malvaceae) com ênfase nas espécies brasileiras(Universidade de Mogi das Cruzes, 2023) Yoshikawa, Vania NobukoPachira possui cerca de 50 espécies e seu centro de distribuição se estende desde o sul da América do Norte até a América do Sul. Quanto à sua filogenia, o Clado Pachira Amazônico pertence ao clado Pachira sensu lato, emergindo como grupo-irmão dos clados Pachira Extra-Amazônico e Eriotheca. Assim, este trabalho objetiva investigar as relações filogenéticas do Clado Pachira Amazônico, uma vez que nenhum estudo focou em Pachira; e averiguar o posicionamento do Clado Pachira Extra-Amazônico. Para o estudo molecular, foram empregados três marcadores moleculares: ETS e ITS (nucleares) e trnS-trnG (plastidial). As filogenias foram geradas nos critérios de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. Para encontrar sinapomorfias morfológicas para os clados gerados, foi realizada a análise de transição de caracteres ancestrais e para entender os processos de dispersão e evolução do grupo, foi realizada a análise de reconstrução de áreas/biomas ancestrais através da metodologia de BioGeoBEARS. Para o estudo taxonômico, foram visitados/consultados 40 herbários. Os mapas gerados para o estudo taxonômico e biogeográfico foram feitos no software QGIS e a avaliação do grau de ameaça das espécies seguiu os parâmetros da IUCN. Para o estudo biogeográfico, foram realizadas as análises de endemismo no software VNDM e com os Elementos Bióticos, com base em mapas gerados com quadrículas de 1º, 2º e 3º. Como resultados, os gêneros que compõe Pachira s.l. não são monofiléticos. O clado Pachira Amazônico se manteve monofilético, sendo caracterizado pela parte livre de estames bicolor (aqui denominado de P. subg. Bicolor), enquanto nas demais espécies de Bombacoideae os estames são monocolores. Os subgêneros de Eriotheca são monofiléticos, mas o gênero não. Assim, foi proposta uma nova classificação para o clado Pachira s.l., no qual o gênero Eriotheca passa a ser sinônimo, tendo todas as suas espécies transferidas para o gênero Pachira. No total, foram confirmadas 33 espécies de Pachira subg. Bicolor e foram feitas seis sinonimizações e designação de um epítipo para P. patinoi. Quanto às análises biogeográficas, foram encontradas de 1 - 3 áreas de endemismo. Os resultados aqui encontrados corroboram parcialmente com a delimitação das províncias Imerí e Guiana feita por Morrone. Sugere-se que a hipótese de paleogeografia possa ter ocorrido durante a evolução de P. subg. Bicolor uma vez que as espécies tiveram ancestralidade em áreas de terra firme, mas grande parte dos grupos contemporâneos ocorre em ambientes sujeitos a inundações, periódicas ou permanentes. Por fim, o surgimento do Cerrado pode ter sido uma barreira geográfica a conduzir a evolução de Pachira subg. Bicolor, bem como os eventos de inundações na Amazônia. Com isso, foram feitas ilustrações em pranchas para todos os 33 táxons, e foram gerados mapas de distribuição. Nas categorias de ameaça, foram classificadas 20 na categoria LC, uma na categoria NT, seis em EN e cinco em CR. Além disso, todas as áreas de endemismo encontradas abrangem pelo menos três países, dificultado as políticas públicas para a conservação de espécies, principalmente no que se refere às espécies já classificadas como ameaçadas (P. mawarinumae, P. obovata e P. pseudofaroensis).